Estuaires : carrefours de migration des poissons migrateurs ! Article 7 : Ce que les poissons nous disent de la qualité des estuaires bretons

Bretagne Grands Migrateurs lance en 2026 une nouvelle chronique "Estuaires : carrefours de migration des poissons migrateurs". Aujourd'hui, le septième épisode... 

Les enseignements du projet INPEC 2021-2024 sur le Goyen, l’Odet et la Laïta

Et si les poissons étaient de véritables sentinelles de la santé de nos estuaires ? Leur diversité, leur abondance et la composition des communautés piscicoles renseignent sur le fonctionnement de ces milieux complexes, à l’interface entre les eaux douces et marines. Dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), les poissons sont ainsi utilisés comme bio-indicateurs de l’état écologique des eaux de transition, à travers l’Indice Poisson Estuaire (IPE), également appelé indicateur ELFI (Estuarine and Lagoon Fish Index). 

L’IPE est un indicateur multi-métrique qui prend en compte sept caractéristiques des peuplements piscicoles : la richesse en espèces, la densité totale de poissons, mais aussi les densités de poissons migrateurs amphihalins, de juvéniles marins, de poissons résidents, de poissons d’eau douce et de poissons benthiques. Ces différentes composantes permettent de rendre compte de la capacité d’un estuaire à accueillir des communautés piscicoles diversifiées, en réponse notamment aux conditions physico-chimiques et hydromorphologiques du milieu (Teichert et al., 2025). L’abondance et la diversité des espèces et des guildes écologiques constituent en effet des indicateurs du bon fonctionnement écologique des estuaires (Whitfield et al., 2012).

Quand l’indicateur interroge le terrain

En Bretagne, les résultats de l’IPE peuvent cependant sembler difficiles à mettre en cohérence avec les connaissances acquises localement. C’est précisément ce constat qui a conduit au projet INPEC – "Interprétation et traduction opérationnelle des Notes de l’Indice Poisson Estuaire pour la gestion des petits fleuves côtiers". Mené sur les territoires des SAGE Ouest-Cornouaille, Odet et Ellé-Isole-Laïta, le projet a étudié trois estuaires : le Goyen, l’Odet et la Laïta. Son objectif était de mieux comprendre le lien entre les notes de l’IPE, le fonctionnement des estuaires et les pressions auxquelles ils sont soumis, afin de pouvoir traduire les résultats en actions de gestion (INPEC, 2021-2024).

L’étude montre d’abord que l’IPE ne donne qu’une vision partielle des peuplements piscicoles. Le protocole DCE repose sur des pêches au chalut à perche réalisées au printemps et à l’automne, sur plusieurs années. Or certaines zones de l’estuaire sont peu ou pas échantillonnées, notamment les secteurs les plus amont et les zones intertidales. De plus, les poissons migrateurs amphihalins sont très peu représentés dans les captures au chalut. L’IPE renseigne donc davantage sur les fonctions de nourricerie, d’alimentation et de croissance, autrement dit sur la capacité d’accueil des habitats, que sur la fonctionnalité de migration proprement dite (INPEC, 2021-2024).

‍Faire parler les poissons autrement

Pour compléter cette vision, INPEC a mobilisé différentes méthodes. Les pêches à la senne de plage ont notamment permis de détecter des espèces de poissons migrateurs et d’eau douce dans des secteurs amont et intertidaux peu représentés par le protocole IPE. L’ADN environnemental (ADNe) a également confirmé la présence d’espèces migratrices et révélé un cortège piscicole plus diversifié. Ces méthodes ne remplacent pas le protocole IPE : elles sont complémentaires, chacune apportant une information différente sur le fonctionnement de l’estuaire (INPEC, 2021-2024).

Cette approche croisée permet surtout de mieux comprendre ce que les poissons nous disent des pressions exercées sur les estuaires.

Dans le Goyen et l’Odet, l’étude met en évidence des problématiques liées notamment aux contaminants, à l’artificialisation, aux mouillages et aux activités portuaires. Des contaminations par certains métaux lourds, le TBT et les HAP ont ainsi été relevées dans les sédiments ou le biote. À l’inverse, la Laïta se distingue par une problématique d’oxygénation, avec des épisodes de désoxygénation et un risque d’hypoxie, associés à des mortalités de poissons observées sur le terrain (INPEC, 2021-2024).

L’un des résultats intéressants du projet est ainsi la mise en évidence de zones où les plus faibles densités de poissons correspondent aux secteurs soumis aux plus fortes pressions. Le croisement des données piscicoles, environnementales et territoriales permet alors de passer d’une simple note à un véritable diagnostic spatial de l’estuaire (INPEC, 2021-2024).

‍Des poissons pour orienter l’action

L’intérêt d’INPEC est finalement de montrer qu’un indicateur biologique prend toute sa valeur lorsqu’il est remis en perspective avec les connaissances locales. Une note IPE ne permet pas, à elle seule, d’identifier l’origine d’une dégradation. Mais associée aux données sur les contaminants, l’oxygène, les habitats, les usages et les autres suivis piscicoles, elle devient un outil permettant de cibler les actions.

Pour les trois estuaires étudiés, les orientations fixent des enjeux prioritaires sur l’amélioration de la qualité chimique et la réduction des pressions à la source (Goyen et Odet) et la limitation des épisodes d’hypoxie (Laïta) (INPEC, 2021-2024).

Recommandations pour le suivi et l’observation des estuaires sur les 3 estuaires étudiés dans le cadre de l’étude INPEC 2021-2021

Les poissons ne nous donnent donc pas une réponse unique sur la qualité d’un estuaire, ils nous racontent une histoire. Celle d’un milieu dynamique, soumis à des pressions multiples, dont les effets peuvent varier selon les secteurs et les saisons. Pour comprendre cette histoire, il faut croiser les indicateurs, multiplier les regards et replacer les poissons dans leur environnement.

Car derrière une densité de poissons, une espèce absente ou une note IPE, il y a toujours une question essentielle : l’estuaire offre-t-il encore les conditions nécessaires pour accueillir, nourrir, abriter et faire grandir les poissons ?

C’est précisément cette question que le projet INPEC contribue à éclairer : mieux comprendre ce que nous disent les poissons pour mieux savoir comment agir sur les estuaires bretons.

‍Sources :

• INPEC (2021-2024).Interprétation et traduction opérationnelle des Notes de l’Indice Poisson Estuaire (IPE) pour la gestion des petits fleuves côtiers. Projet mené sur les territoires des SAGE Ouest-Cornouaille, Odet et Ellé-Isole-Laïta. 
• Teichert, N. et al. (2025). Qualité d’estuaires bretons avec l’indicateur poisson : INPEC et AnaCoNoR, des projets pour mieux comprendre les dysfonctionnements et agir. Présentation au webinaire du CRESEB, 14 mars 2025.
• Whitfield, A. K. et al. (2012). Travaux sur la diversité des communautés piscicoles estuariennes et leur rôle comme indicateurs du fonctionnement écologique des estuaires.
• CRESEB (2025). Qualité d’estuaires bretons avec l’indicateur poisson : INPEC et AnaCoNoR, des projets pour mieux comprendre les dysfonctionnements et agir. Présentation disponible dans les ressources du CRESEB.

Rendez-vous le mois prochain pour un nouvel épisode !